Sebagai kelanjutan dari jalur pendidikan tinggi di tingkat sarjana, penyelenggaraan Program Magister kimia didasarkan atas kenyataan bahwa  peran ilmu kimia sangat luas di berbagai aspek kehidupan. Prosedur dan instrumentasi analisis bahan baku, produk dan limbah, pengetahuan tentang berbagai produk alam, bahan dan peralatan industri, proses kimiawi dalam tubuh mahluk hidup merupakan  penentu kualitas dalam menjawab persaingan dan tantangan  global. Sumber daya alam Indonesia baik flora maupun fauna,  banyak di antaranya telah diketahui memiliki senyawa aktif, memberikan kesempatan perkembangan ilmu kimia bahan alam. Tuntutan ini mendorong semua negara termasuk Indonesia meningkatkan jumlah dan mutu sumber daya manusia yang mempunyai kemampuan mengembangkan IPTEK di bidang ilmu kimia agar memenangkan persaingan dalam mekanisme pasar bebas. Hal ini dapat dipenuhi melalui pendidikan lanjutan Program Magister kimia.

Aktivitas pendidikan Program Magister Kimia secara resmi diselenggaran  pada Tahun Ajaran  2007/2008 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi No.4901/D/T/2006 tanggal 21 Desember 2006. Penyelenggaraan Program Magister kimia didukung oleh 25 orang dosen dengan kualifikasi doktor sebanyak 72 % dan magister sebanyak 28% berasal dari berbagai kelompok keahlian di jurusan Kimia FMIPA Unibraw dan lembaga di luar. Sebagian besar dosen memiliki kemampuan meneliti yang tinggi serta komitmen dan dedikasi pada pengembangan institusi. Hal ini dapat diamati dari peningkatan perolehan dana hibah penelitian, jumlah publikasi nasional maupun internasional, peningkatan efisiensi dan produktivitas proses pembelajaran, serta jalinan kerjasama tingkat lokal maupun nasional.  Jurusan   Kimia sebagai penyelenggara  kegiatan akademik Program Magister Kimia, merupakan salah satu  Jurusan di Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam didirikan sesuai dengan SK Rektor No.070/SK/1987 dan  diperkuat dengan SK Dirjen Pendidikan Tinggi No. 28/DIKTI/Kep/1989 serta Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0371/O/1993. Pengakuan akreditasi B (baik) diperoleh berdasarkan Sertifikasi akreditasi No. 06380/Ak-VII-S1-016?UBGKHM/V/2007, yang ditetapkan 7 Mei 2004 sampai dengan 7 Mei 2009 oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi. Pada bulan April Tahun 2009 Jurusan Kimia telah melaksanakan akreditasi BAN-PT dan telah divisitasi memperoleh pengakuan Akreditasi (B) Baik berdasar Keputusan BAN-PT nomor 004/BAN-PT/Ak-X/S2/V/2012  yang berlaku selama 5 (lima) tahun sejak tanggal 31 Mei 2012  sampai dengan 31 Mei 2017

Adanya tuntutan efisiensi manajerial akibat adanya trend otonomi kampus serta tuntutan peningkatan peran fakultas dalam  meningkatkan pengembangan akademik pada tingkat pascasarjana, maka sejak tahun ajaran 2006/2007 manajemen pascasarjana di Universitas Brawijaya dipindahkan ke Fakultas yang merupakan Induk keilmuan dari Program Pascasarjana. Sehingga PS Magister Kimia dikelola langsung oleh Fakultas MIPA dan Jurusan Kimia. Pemindahan manajemen tersebut telah dikaji pula oleh tim pengembangan pascasarjana di Jurusan Kimia sebagai kesempatan untuk mengembangkan diri, sehingga berdasarkan perkembangan yang sangat signifikan di jurusan Kimia terutama setelah jurusan kimia menerima Block Grant SemiQUE IV (tahun 2002 dan 2003), hibah kompetitif Universitas Brawijaya (2004) untuk Pengelolaan Pendidikan, dan hibah kompetisi A-2 selama tiga tahun dari muali tahun 2006 hingga 2008, untuk Peningkatan Kapasitas dan Efisiensi Internal, sumber daya manusia di jurusan kimia yang telah menyelesaikan studi lanjut tingkat S3 baik di dalam maupun di luar negeri juga semakin banyak, fasilitas laboratorium, perpustakaan, maupun akademik atmosfir di jurusan juga semakin meningkat. Disisi lain perkembangan sain dan teknologi di bidang kimia yang semakin pesat, baik yang berkaitan dengan bioteknologi, masalah-masalah lingkungan dan keanekaragaman hayati juga material bahan baku, produk dan limbah, maka   sebagai lembaga pendidikan tinggi, jurusan kimia telah engembangkan dirinya dengan membuka Program Magister Kimia dengan 5 bidang minat (kekhususan) yaitu: Kimia Analitik, Kimia Organik, Kimia Lingkungan, Kimia Material dan Biokimia.  sejak tahun ajaran 20072008  pogram studi Magister Kimia telah memulai aktifitas akademik langsung dibawah Jurusan Kimia Fakultas MIPA.